Epidémies a menace invisible - Teaser
Le coronavirus sort-il d'un laboratoire ? Ép. 1 : la thèse du virus artificiel
 
 Et si le nouveau coronavirus avait été fabriqué en laboratoire ? Il ne s'agit pas d'une simple théorie du complot mais d'une question sur laquelle des chercheurs se sont penchés très sérieusement. De son côté, la Chine nie en bloc, Donald Trump affirme au contraire « avoir des éléments », et un ancien prix Nobel de médecine, Luc Montagnier, parle d'« un travail de professionnel ».
 
 
A lire : Le coronavirus sort-il d'un laboratoire ? Ép. 1 : la thèse du virus artificiel
 
repères 
Sept coronavirus infectent l'homme
 
Le Sras-CoV-1 a fait plus de 700 morts, essentiellement en Asie, entre 2002 et 2004. Issu des chauves-souris, il est transmis par les civettes.
Le Mers-CoV, responsable du mers (syndrome respiratoire du Moyen-Orient) a fait plus de 500 morts, essentiellement au Moyen-Orient depuis 2012, et continue de circuler. Issu des chauves-souris, il est transmis par les camélidés.
Le Sras-CoV-2, responsable du Covid-19, a fait plus de 1,8 million de morts à travers le monde. Issu des chauves-souris, l'origine de son passage à l'homme reste débattue.
 
Quatre autres coronavirus provoquent de simples rhumes et sont très répandus chez l'homme. Deux proviennent de rongeurs et deux autres de chauve-souris.

 Dans leur traque du coronavirus, les enquêteurs démunis

 

Après de longues négociations, les enquêteurs de l’OMS devraient se rendre en Chine dans les prochains jours. Un an après la fermeture du marché de Wuhan, ils espèrent pouvoir retracer l’origine du virus, pour l’instant toujours méconnue. Mieux comprendre cette émergence permettrait de prévenir d’autres épidémies.

 Audrey Dufour, le 05/01/2021 

 Une chose semble sûre : les chauves-souris sont impliquées dans l’affaire.CHAMNAN 
 

C’était il y a un an. Le 1^er janvier 2020, les étals bleus du marché de produits de la mer de Huanan, au cœur de la mégalopole chinoise de Wuhan, baissaient le rideau pour une décontamination complète. Objectif : limiter la propagation d’une nouvelle forme de pneumonie. Officiellement, 27 personnes étaient contaminées. En réalité, sans doute plusieurs centaines, à Wuhan, mais aussi dans toute la province, dans le reste du pays et à l’étranger.

 

 

Avant d’être fermées et désinfectées, une douzaine d’échoppes du marché de Wuhan proposaient des animaux sauvages, morts ou vivants, allant de la tortue au renard en passant par l’autruche. Bien loin du nom trompeur de « marché de produits de la mer ». « Le commerce d’espèces exotiques et sauvages est très ancré culturellement en Chine, rappelle Frédéric Keck, anthropologue spécialisé dans les risques alimentaires et les crises sanitaires. Mais n’imaginez pas le marché de Wuhan comme de la vente à la sauvette dans une allée sombre. C’est une structure grande, plutôt moderne, en centre-ville, et très encadrée, même pour les activités illégales. »

En une dizaine de jours, les autorités chinoises désinfectent les lieux où s’entassaient les cageots de plastique. Les centaines de vendeurs disparaissent au profit des équipes en combinaison blanche, qui investissent les lieux comme une scène de crime. Mais le mal est fait : le virus, bientôt dénommé « Sras-CoV-2 », s’est déjà dispersé par-delà les frontières.

 

Des malades dès l’automne 2019

En France, des échanges de marchandises se retrouvent aussi suspectés. Analysant de vieux échantillons par PCR, les médecins ont décelé en mai une infection au Sras-CoV-2 chez un homme d’une cinquantaine d’années, hospitalisé en Seine-Saint-Denis… dès le 27 décembre 2019. Surprise, l’homme ne travaillait pas et ne voyageait pas. Sa femme, en revanche, tenait un stand de poissons dans un supermarché, où elle a pu être au contact de clients ou de fournisseurs contaminés.

 

D’autres indices indirects laissent penser que le virus était présent en France dès mi-novembre 2019. En regardant près de 2 500 scanners thoraciques, l’hôpital de Colmar a retrouvé des cas qui pourraient correspondre à une infection par le coronavirus, sans qu’il soit possible de les confirmer par des tests. En Italie, les chercheurs ont réanalysé des échantillons de plasma, collectés chez des patients engagés dans un essai clinique sur le cancer du poumon. L’étude, parue dans le Tumori Journal,indique des traces d’anticorps au coronavirus dès septembre 2019.

 

Plus étonnant : des vues satellites étudiées par des chercheurs de l’université Harvard montrent une affluence exceptionnelle dans les parkings des hôpitaux de Wuhan dès août 2019. Les petits points rouges symbolisant les voitures se multiplient jusqu’à atteindre un record en octobre 2019 pour cinq des six hôpitaux considérés. En parallèle, les limiers américains ont regardé l’évolution des recherches de symptômes type « toux » ou « diarrhée » sur le moteur Internet chinois Baidu. Affluence hospitalière et recherches Internet concordent.

Grâce à l’informatique toujours, en comparant les génomes de différentes versions du virus, et en connaissant sa vitesse de mutation, les scientifiques ont pu retracer son expansion à travers le monde depuis ses origines chinoises. Mais ils butent pour remonter plus loin. « Il manque des données précédant l’épidémie pour comparaison, explique Yves Gaudin, directeur de recherche au CNRS et l’un des responsables du département de virologie de l’université Paris-Saclay. Le problème c’est qu’on ne commence à s’intéresser à un virus que quand il devient mortel. »

 

Même si les résultats doivent être pris avec précaution, les scientifiques occidentaux s’accordent sur une date approximative : le Sras-CoV-2 circulait dès septembre-octobre 2019. En Chine, les autorités ont fini par reconnaître que le premier cas – un homme de 55 ans – remontait au 17 novembre. Depuis, ce coronavirus a fait plus de 1,8 million de morts à travers le monde. La quête des origines, elle, ne progresse guère. Il est pourtant vital de mieux comprendre cette émergence pour prévenir d’autres épidémies et mettre en place des mesures empêchant ou freinant la propagation.

 

Un marché entièrement désinfecté

En janvier 2020, les autorités chinoises ont bien effectué plusieurs centaines de prélèvements avant la décontamination du marché de Wuhan, et une trentaine d’entre eux comportaient effectivement des traces de Sras-CoV-2. « Sauf qu’on sait peu de choses sur ces échantillons », déplore Meriadeg Le Gouil, spécialiste des coronavirus au laboratoire de virologie du CHU de Caen et à l’université de Caen-Normandie. Lui-même a conservé précieusement une traduction sommaire et en anglais d’un compte rendu chinois daté du 26 janvier 2020 et disparu d’Internet depuis. « Sur la trentaine d’échantillons positifs au virus, la grande majorité provient de la partie ouest du marché, et plus particulièrement entre la 7^e et la 8^e allée, où le commerce d’animaux sauvages est important », lit l’expert. Avant de regretter : « C’est la seule étude sur le marché de Wuhan et on ne connaît pas la nature de ces prélèvements. »

 

Entièrement nettoyée, la scène ne peut plus fournir d’indices. Remonter la piste de ce côté-là requiert donc la coopération des Chinois. Et pour l’instant, rien ne filtre. Shi Zhengli, chercheuse à l’Institut de virologie de Wuhan – accusé par certains d’être à l’origine de l’épidémie – a tout juste reconnu lors d’un colloque début décembre 2020 que l’ARN viral a été détecté « dans l’environnement ».

 

« Nous avons aussi réalisé des échantillons sur les rongeurs et les petites mammifères à Wuhan, mais nous n’avons rien trouvé, poursuit la spécialiste. Ces données nous perdent. » Car en toute logique, si l’épidémie était partie de produits contaminés sur les étals de Huanan, le virus aurait dû se retrouver chez les rats qui profitent des poubelles.

 

Une super-propagation urbaine

En réalité, plus les fouilles avancent, moins le marché de la mégalopole apparaît comme le premier lieu du délit. Les études chinoises reconnaissaient d’ailleurs que certains premiers malades n’avaient aucun lien avec l’endroit, ni avec d’autres malades identifiés. Pour Meriadeg Le Gouil, « il est évident que ce virus a commencé à infecter l’humain avant le marché de Wuhan, avant la détection des premiers cas, par poussées sporadiques, jusqu’au succès épidémique ». Le marché aurait en fait servi de lieu de « super-propagation », où une ou plusieurs personnes infectées auraient transmis le virus à des acheteurs, à une ou plusieurs occasions.

Remonter jusqu’au lieu de la première contamination et au « patient zéro » demanderait alors de retrouver toute personne entrée ou sortie de Wuhan, ville de 11 millions d’habitants, dans les semaines précédant octobre 2019. « Il est facile de considérer cela comme une enquête policière, mais le nombre de suspects serait gigantesque, compare Yves Gaudin. Il ne faut pas imaginer qu’on pourra un jour dire : “C’était monsieur Untel, le 18 octobre, à 15 h 26”. »

 

Par ailleurs, il est sans doute trop tard. « Nous manquons d’études menées avant l’épidémie pour détecter d’éventuels anticorps dans les populations de la province », décrypte Meriadeg Le Gouil. Plus d’un an après, et même si l’on retrouve des anticorps chez les habitants, impossible de savoir s’ils ont été infectés avant ou simplement pendant l’épidémie.

 

Pister le génome

Faute de piéger le Sras-CoV-2 à travers ses victimes, est-il possible de faire appel à la génétique, tels les experts d’une unité de police scientifique ? Premier résultat, publié dès le 3 février 2020 par Shi Zhengli et son équipe dans la revue internationale Nature, le génome du Sras-CoV-2 serait proche à 96 % d’un précédent coronavirus, retrouvé en 2013 dans la province du Yunnan et issu de chauves-souris, vivant dans d’anciennes mines. En recoupant l’étude avec d’anciens travaux passés inaperçus, les spécialistes français et américains ont vite retracé le cheminement de ce virus, remontant jusqu’à une pneumonie développée par une poignée de mineurs en 2012. Le coupable viendrait-il de ces mines désaffectées à 1 800 kilomètres au sud ?

 

Rien n’est moins sûr. En réétudiant des échantillons biologiques prélevés en 2012 sur les mineurs, l’équipe chinoise n’a pas détecté le Sras-CoV-2. Impossible également de mettre en culture ce virus du Yunnan pour voir s’il aurait pu donner le responsable de la pandémie actuelle, car « nous n’avons qu’un enregistrement de la séquence génétique, et non plus le virus lui-même », a reconnu Shi Zhengli. Or, en matière de génétique, 96 % de ressemblance, c’est encore moins qu’entre l’homme et le chimpanzé !

 

Sur les plus de 3 200 coronavirus qui existent chez les 1 400 espèces de chauves-souris à travers le monde, un plus proche témoin existe peut-être. Mais la majorité des coronavirus sont très mal connus, car comme le résume Serge Morand, biologiste de l’évolution actuellement à la faculté de médecine tropicale de Bangkok, « nous n’observons toujours que les transmissions d’animal à l’homme qui ont réussi ».

 

L’hypothèse du pangolin écartée

Une chose est sûre : les chauves-souris sont impliquées dans le « crime ». En comparant le génome responsable de la pandémie aux bases de données mondiales, quelques autres « cousins » ont été retrouvés, à chaque fois provenant de chiroptères. Mais toujours trop éloignés pour être jugés responsables.

 

Surtout, la proximité génétique avec ces chauves-souris, déjà relativement faible, chute au niveau de la protéine S (« spike »). Or, c’est cette dernière, très variable d’un coronavirus à l’autre, qui permet au virus d’entrer dans les cellules. Les chauves-souris ne posséderaient donc pas une clé compatible avec la porte humaine. « D’où le besoin d’un animal intermédiaire, statistiquement plus probable », appuie Yves Gaudin. Quatre coronavirus sont déjà passés à l’homme par des animaux intermédiaires connus (lire les repères), ce qui laisse penser à un mécanisme similaire.

 

Début février 2020, les enquêteurs chinois pensent avoir débusqué le complice : le pangolin, animal prisé en Chine pour sa viande et ses écailles, porte bien un coronavirus, particulièrement proche du nôtre pour la partie « spike ». Las ! De forts soupçons pèsent sur la méthodologie des études chinoises, et le coronavirus détecté chez le pangolin reste de toute façon trop éloigné du Sras-CoV-2 dans son ensemble. « Le virus du pangolin est plus lointain encore que celui retrouvé en 2013 au Yunnan, mais il est par contre adapté aux cellules humaines », résume Pascal Meylan, virologue et professeur honoraire à l’université de Lausanne. La bonne serrure sur la mauvaise porte.

 

Sans compter que le pangolin est malade de son coronavirus. Or, un « bon » hôte intermédiaire est un hôte sain, comme ce fut le cas des civettes lors de la première épidémie de sras. « Si le virus a une forte mortalité sur les hôtes intermédiaires, nous verrions des élevages décimés et l’alerte aurait été donnée plus tôt, rappelle le biologiste de l’évolution Serge Morand. Pour le virus, mieux vaut des porteurs sains pour mieux se propager. »

 

L’hypothèse du chien viverrin

Résultat, les détectives en blouse blanche se tournent vers d’autres animaux sauvages mis en élevage. Une nouvelle piste émerge à l’automne : le chien viverrin. Cet animal, qui ressemble à un gros raton laveur mais appartient en fait à la famille des chiens, est très répandu en Chine. « Élevé pour sa fourrure, c’est un réservoir sain du coronavirus, comme l’a prouvé une étude publiée par le centre américain de contrôle des maladies, poursuit Serge Morand. Il y a énormément de fermes de chiens viverrins en Chine, qui servent de compléments de revenus pour les paysans, encouragés dans cette démarche par le gouvernement chinois. »

Il est possible qu’une chauve-souris porteuse d’un virus semblable au Sras-CoV-2 ait infecté un chien viverrin, par morsure ou par des excréments. Ce virus, qui n’était pas adapté aux récepteurs humains, aurait alors pu évoluer à l’intérieur des chiens pour donner le Sras-CoV-2 et « sauter » ensuite à l’éleveur, via une léchouille malvenue ou lors de l’écorchage pour récupérer la fourrure du chien.

 

Une épidémie de la modernité

Autre possibilité, ce virus « original » circulait sous le manteau depuis des mois, voire des années, chez les éleveurs contaminés et c’est directement chez l’homme qu’il a évolué pour devenir l’agent contagieux d’aujourd’hui. « Les coronavirus passent régulièrement chez l’homme depuis la faune sauvage, mais ils sont mal adaptés à l’espèce humaine et la transmission interhumaine est donc peu efficace », rappelle Yves Gaudin, du CNRS.

 

« Les premiers contaminés présentaient peut-être des symptômes pas graves et, de proche en proche, on a abouti à une épidémie », retrace le spécialiste, qui rappelle qu’« il y a deux cents ans, un tel virus aurait peut-être seulement contaminé un village pendant quelques semaines », et voit dans cette épidémie « le choc d’une vie traditionnelle et d’une modernité, avec des villes densément peuplées et une population très mobile ».

Même analyse pour le virologue Pascal Meylan, qui pointe plusieurs facteurs favorisant l’émergence de ce type d’épidémie : la destruction de l’habitat des chauves-souris qui se retrouvent plus au contact avec les animaux et l’homme qu’auparavant ; le business des élevages d’animaux sauvages, très utilisés en Chine dans la gastronomie et la pharmacopée ; et enfin les wet markets, ces marchés d’animaux vivants qui offrent une liaison directe entre les virus de la vie sauvage et la population urbaine.

 

Un manque de transparence côté chinois

À ce stade des investigations, impossible d’affirmer si le chien viverrin ou tout animal d’élevage est le complice tant recherché. Une chose est sûre, comme pour un cold case policier, « plus le temps passe, plus il est difficile de remonter les empreintes, et plus les rumeurs se multiplient en brouillant la réalité », constate Meriadeg Le Gouil. Lors des deux précédentes épidémies de coronavirus, les animaux intermédiaires – à savoir les civettes et les dromadaires – avaient été rapidement identifiés.

 

Là, des suspicions de plus en plus fortes pèsent sur les autorités chinoises et « tant qu’elles ne veulent pas faire preuve de transparence, rien n’est à exclure ni à privilégier » pour Bruno Canard, spécialiste des coronavirus à l’université d’Aix-Marseille. Après des mois de négociations, un accord a finalement été conclu entre le gouvernement chinois et l’OMS pour envoyer des enquêteurs internationaux dans les tout prochains jours.

L’équipe d’une dizaine de scientifiques internationaux se rendra à Wuhan. Mais certains dénoncent déjà une mascarade, les aspects « pratiques » du travail étant aux mains des Chinois. L’un des membres de cette brigade internationale a prévenu qu’« il ne faut pas s’attendre à ce qu’après cette première visite en Chine en janvier, l’équipe revienne avec des résultats concluants ».

 

Une partie de génome très mystérieuse

Pour certains, Wuhan, et plus précisément son laboratoire de virologie (lire ci-contre), reste l’épicentre de la pandémie. La « trop parfaite » adéquation entre le virus et nos cellules serait le signe d’une manipulation génétique du Sras-CoV-2. Bruno Canard reconnaît que « les techniques de manipulation du génome ont évolué au point qu’il est possible de ne pas laisser de trace d’une éventuelle modification par l’homme ». Mais attention, « l’interprétation prend toute la place faute d’indices », met en garde Meriadeg Le Gouil.

 

Sans en tirer quelconque conclusion, Bruno Canard s’étonne surtout d’un « oubli » des chercheurs chinois : les premières études du génome du virus ne mentionnent pas la présence d’une portion du génome du virus (appelée « site de clivage à la furine »). Sans entrer dans les détails, ce morceau assure qu’une enzyme humaine, la furine, « fracture » l’enveloppe du virus pour faciliter l’infection des cellules humaines. « Pourtant c’est impossible à louper, surtout pour eux qui travaillent depuis des années sur les coronavirus. »

 

Dans la grande famille des coronavirus, ce morceau existe effectivement dans le génome de lointains cousins, comme les félins ou les bovins. Il se retrouve également dans la grippe, où il est connu pour améliorer la fusion du virus avec la cellule qu’il infecte. « Attention, bien qu’il ait la même fonction, le “site furine” du Sras-CoV-2 ne correspond pas, dans sa composition, à celui de la grippe ni à celui des autres coronavirus », rappelle Meriadeg Le Gouil.

 

Exit donc l’hypothèse d’un virus fabriqué en laboratoire pour être spécialement contagieux. Il ne s’agit pas d’un morceau qui aurait été « prélevé » de la grippe et rajouté au coronavirus. « Cette forme n’a jamais été répertoriée, ni en milieu naturel, ni en laboratoire, appuie le chercheur. Or inventer un tout nouveau code génétique fonctionnel à partir de rien s’avère extrêmement difficile. » Même un bon faussaire a besoin d’un modèle à copier.

 

La sécurité du laboratoire de Wuhan

Si le virus n’a pas été façonné par des mains mal intentionnées, peut-être s’est-il simplement enfui de mains négligentes ? Il est largement connu que le centre de virologie de Wuhan travaillait sur les coronavirus bien avant l’épidémie. Pékin n’en fait pas un secret d’État. Au centre de la stratégie chinoise lors de la première épidémie de Sras, le laboratoire effectue depuis plus de dix ans des prélèvements sur des chauves-souris et des animaux d’élevage.

 

À l’heure actuelle, rien n’indique qu’un coronavirus se soit échappé du laboratoire, que ce soit par des carcasses d’animaux contaminés mal jetées ou par un chercheur maladroit. Les responsables chinois défendent une infrastructure exemplaire. Mais des précédents empêchent d’exclure totalement cette piste. En mai 2004 par exemple, deux chercheurs de l’Institut national de virologie de Pékin avaient été contaminés par le précédent Sras lors de manipulations, alors même que l’épidémie était contenue.

 

Des échanges diplomatiques envoyés par l’ambassade américaine en 2018 et obtenus par le Washington Post confirmaient « un sérieux manque de techniciens formés » dans le laboratoire de Wuhan. Et, dans un autre document, que « les chercheurs ont montré que plusieurs coronavirus de chauve-souris pouvaient interagir avec les récepteurs des cellules humaines (…), ce qui rend critique la surveillance continue de ces virus pour prévenir l’émergence future d’épidémie ». Une mise en garde que l’histoire ne reniera pas. Charge aujourd’hui à cette traque des origines d’éviter une répétition du drame.

 

 En savoir plus...

Le dossier de presse
 

Epidémies, cette menace invisible [ DOCUMENTAIRE de 2014 ] (Covid-19)
 
 

PANDEMIE Virus L'Ennemi invisible VF sous titres FR

Épidémies, la menace invisible 2014 Science 01h22 VF



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